Ulica Świętojańska została wytyczona na Głównym Mieście w 1349 r. W pierzei północnej wybudowano najpierw kaplicę, następnie w 1370 r. zaczęto wznosić na jej miejscu murowany kościół św. Jana. Początkowo filialny względem kościoła św. Katarzyny, od 1454 r. parafialny dla północnej części Głównego Miasta.

Widok na kościół św. Jana z perspektywy ulicy Tandeta. Zabudowa nie istnieje.

Widok z lotu ptaka na kościół św. Jana, Główne Miasto i Motławę.

Widok na kościół św. Jana z ulicy Tandeta. Uliczka w 1378 r. określana była jako ulica "Przy świętym Janie" lub "poprzeczna w stronę świętego Jana". W 1415 r. była to Przędzowa. Współcześnie jej nazwę można określić jako "Taniocha".

Charakterystyczne dla Gdańska były ciasne zaułki otaczające prawie każdy kościół śródmieścia. Wojna zniszczyła większość z nich. Za najlepiej zachowany można uznać Zaułek Świętojański (dziś „Zachariasza Zappio”). Uliczka otaczająca kościół św. Jana, a właściwie plac, na którym stoi, był od początku związany z kościołem. Określano go jako Cmentarz Świętojański (1577 Johanniskirchhof), lub – do 1945 – Przy Kościele Św. Jana (1822 An der Johanniskirche). Tego rodzaju nazwy oddawano po polsku jako Zaułek, w tym przypadku Świętojański, ale w 1945 o tej uliczce zapomniano. W 1999 roku nadano jej nazwę Zaułek Zachariasza Zappio – nie wiedząc, że zasłużony dobroczyńca kościoła w XVII wieku ma już swoją ulicę: Czopową. Prawidłową nazwą jest Zaułek Świętojański.

Pierwsza kaplica w tym miejscu pojawiła się ok. 1358 r. Po wojnie kościół długo był zaniedbany, stanowił scenerię do filmów wojennych. Od początku lat 90. XX wieku diecezja gdańska użytkuje kościół w niedziele i święta. Znajduje się tu centrum kultury. Zainstalowano ogrzewanie podłogowe.