Pierwsza kaplica w tym miejscu pojawiła się ok. 1358 r. Po wojnie kościół długo był zaniedbany, stanowił scenerię do filmów wojennych. Od początku lat 90. XX wieku diecezja gdańska użytkuje kościół w niedziele i święta. Znajduje się tu centrum kultury. Zainstalowano ogrzewanie podłogowe.

Charakterystyczne dla Gdańska były ciasne zaułki otaczające prawie każdy kościół śródmieścia. Wojna zniszczyła większość z nich. Za najlepiej zachowany można uznać Zaułek Świętojański (dziś „Zachariasza Zappio”). Uliczka otaczająca kościół św. Jana, a właściwie plac, na którym stoi, był od początku związany z kościołem. Określano go jako Cmentarz Świętojański (1577 Johanniskirchhof), lub – do 1945 – Przy Kościele Św. Jana (1822 An der Johanniskirche). Tego rodzaju nazwy oddawano po polsku jako Zaułek, w tym przypadku Świętojański, ale w 1945 o tej uliczce zapomniano. W 1999 roku nadano jej nazwę Zaułek Zachariasza Zappio – nie wiedząc, że zasłużony dobroczyńca kościoła w XVII wieku ma już swoją ulicę: Czopową. Prawidłową nazwą jest Zaułek Świętojański.

Ulica Świętojańska. Kusterhaus, dawna plebania kościoła św. Jana.

Karta z publikacji „Alt-Danzig (Charakteristiche Giebelbauten und Portale in Danzig aus der Zeit vom 14. bis 18. Jahrhundert)”

Kościół św. Jana wzniesiony w 2 poł. XIV w. na miejscu wcześniejszej kaplicy. Początkowo filialny względem kościoła św. Katarzyny, w 2 ej poł. XV w. parafialny dla północnej części głównego miasta.

Na pocztówce przedruk obrazu Juliusa Schraga: "Danzig, Alte Hauser an der Johanniskirche". Obraz przedstawia widok na domy stojące w sąsiedztwie Kościoła św. Jana