Pierwsza kaplica w tym miejscu pojawiła się ok. 1358 r. Po wojnie kościół długo był zaniedbany, stanowił scenerię do filmów wojennych. Od początku lat 90. XX wieku diecezja gdańska użytkuje kościół w niedziele i święta. Znajduje się tu centrum kultury. Zainstalowano ogrzewanie podłogowe.

Plebania i Kościół św. Jana. Widok od strony ulicy Świętojańskiej. Widoczne skrzyżowanie z zaułkiem Zachariasza Zappio.

Widok na ulicę Św. Ducha w kierunku wschodnim. Ulica wymieniana już w 1336 r. Obieg 1904 r.

Charakterystyczne dla Gdańska były ciasne zaułki otaczające prawie każdy kościół śródmieścia. Wojna zniszczyła większość z nich. Za najlepiej zachowany można uznać Zaułek Świętojański (dziś „Zachariasza Zappio”). Uliczka otaczająca kościół św. Jana, a właściwie plac, na którym stoi, był od początku związany z kościołem. Określano go jako Cmentarz Świętojański (1577 Johanniskirchhof), lub – do 1945 – Przy Kościele Św. Jana (1822 An der Johanniskirche). Tego rodzaju nazwy oddawano po polsku jako Zaułek, w tym przypadku Świętojański, ale w 1945 o tej uliczce zapomniano. W 1999 roku nadano jej nazwę Zaułek Zachariasza Zappio – nie wiedząc, że zasłużony dobroczyńca kościoła w XVII wieku ma już swoją ulicę: Czopową. Prawidłową nazwą jest Zaułek Świętojański.

Ulica Świętojańska. Kusterhaus, dawna plebania kościoła św. Jana.

Widok na Gdańsk, Motławę i wieżę kościoła św. Jana